Apabila abangnya Mir Murtaza Bhutto pulang dari buangan di Syria pada 1993, Benazir menghadapi masalah terutama apabila ibunya Nusrat Bhutto turut menyebelahi Murtaza Bhutto. Serta-merta murtaza ditahan, dipenjara dan dikenakan tuduhan bunuh. Kononnya menjadi perancang rampasan kapal terbang Pakistani Airlines pada 1981. Mir Murtaza Bhutto kemudian bertanding dalam pilihan raya dan menang kerusi parlimen Sindh selepas beliau dibebaskan.

Pada malam Khamis, 19 September 1996, Mir Murtaza Bhutto telah ditembak mati bersama 6 pemimpin parti yang lain di rumahnya. Suami Benazir iaitu Asif Zardari telah dikenakan tuduhan bunuh dan kes itu masih tergantung.

Buangan

Benazir telah dipecat oleh presiden ketika itu atas tuduhan rasuah dan partinya kalah dalam pilihan raya yang berlangsung pada bulan Oktober. Kemudian dia menjadi ketua pembangkang manakala Nawaz Sharif menjadi Perdana Menteri Pakistan selama tiga tahun. Pada bulan Oktober 1993, parti PPP menang dan kali kedua menjadi perdana menteri. Tetapi 196 telah disingkirkan atas tuduhan rasuah.

Tuduhan rasuah

Tuduhan rasuah dikenakan terhadap Benazir Bhutto kerana menyalahgunakan wang kerajaan melalui Bank Swiss. Suaminya Asif Zardari turut dipenjara selama 8 tahun kerana tuduhan rasuah. Semasa di penjara, dia mendakwa telah disiksa. Kemudian Asif telah dibebaskan pada 2004. Kemudian dituduh lagi mencuri berjuta-juta dolar wang kerajaan, manipulasi kontrak dan tender kerajaan. Tetapi bekiau mendakwa semua itu adalah atas faktor politik semata-mata.

Kembali ke Pakistan

Kepulangan Benazir Bhutto telah disambut dengan letupan bom di Rawalpindi.

Pilihan raya 2008

Pada 26 November 2007, Benazir telah menghantar borang pencalonan untuk menyertai pilihan raya Pakistan 2008 yang akan diadakan pada 8 Januari 2008. Benazir mencalonkan dirinya di pelabuhan Karachi kerana kerusi itu dikhaskan untuk calon wanita. Selain itu Benazir akan bertanding di kawasan Parlimen Larkana.

Pada 27 November beliau melancarkan manifesto Parti Rakyat Pakistan dengan dengan utamakan soal pendidikan, kesihatan, dana bagi perniagaan kecil dan lain-lain. Dalam pilihan raya Pakistan, seseorang calon boleh bertanding lebih satu kerusi tetapi hanya boleh mewakili sat kerusi sahaja.

Beliau berunding dengan bekas Perdana Menteri Pakistan, Nawaz Sharif sama ada memboikot pilihan raya atau tidak kerana darurat masih berterusan di Pakistan dan belum ditarik balik oleh Presiden Pervez Musharraf. Amatlah sukar untuk berkempen dan mengadakan perhimpunan dalam keadaan darurat ini. Beliau dikawal ketat oleh pasukan keselamatan dengan alasan menjaga keselamatannya.